Ранний ожог (альтернариоз) — Alternaria solani

Метагеномная детекция раннего ожога картофеля и томата с мониторингом быстро эволюционирующей резистентности к фунгицидам

🧬 Описание пайплайна

Alternaria solani — возбудитель раннего ожога (альтернариоза) картофеля и томата. Патоген поражает листья, стебли и клубни, формируя характерные концентрические пятна, и ежегодно снижает урожайность паслёновых культур. A. solani — классический пример быстрой эволюции фунгицидной резистентности: устойчивость к стробилуринам (QoI) распространилась в популяциях в течение всего нескольких лет после введения этого класса препаратов в 2000-х годах.

Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённой листовой ткани и клубней. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и профиль устойчивости к фунгицидам — что особенно важно для альтернариоза, где применение стробилуринов против резистентной популяции бесполезно и только ускоряет селекцию устойчивых генотипов.

• 📥 На входе: Сырые данные в формате FASTQ после High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа/клубня картофеля, лист и плоды томата.
• 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.

📊 Доступность продукта

🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам

🌍 Глобальный контекст

• Скорость эволюции — мутация F129L в цитохроме b распространилась в популяциях A. solani в течение нескольких лет после введения QoI-фунгицидов в 2000-х.
• Двойная угроза — вслед за стробилуринами под давлением отбора формируется устойчивость к SDHI-фунгицидам (боскалид, флуксапироксад).
• Хозяева — картофель и томат, ключевые продовольственные культуры; ранний ожог ежегодно регистрируется во всех регионах возделывания.
• Антирезистентная стратегия — мониторинг маркеров резистентности позволяет чередовать классы фунгицидов и сохранять эффективность препаратов.

🔬 Связанные источники

• 📄 FRAC — Комитет по резистентности к фунгицидам
• 📄 PHI-base — база взаимодействий патоген-хозяин
• 📄 UNITE — база данных ITS-баркодирования грибов и оомицетов
• 📄 NCBI Taxonomy — Alternaria solani