OnSiteSeq

Автономный программно-аппаратный комплекс. Секвенирование на месте отбора образцов, в регионах крайнего севера и на выезде. Статус — RUO. Архитектура arm64, GPU Nvidia Jetson AGX.

Система управления пайплайнами Cockpit для рабочего компьютера исследователя или лаборатории. Работает автономно или в паре с Edge. Архитектура x86.

Версия Cockpit для запуска в облачных провайдерах. Доступна по адресу cloud.onsiteseq.io. Архитектура x86.

Определение лекарственной устойчивости и субтипа ВИЧ-1

Определение лекарственной устойчивости и линий Mycobacterium tuberculosis

Генотипирование ВПЧ высокого риска, определение статуса интеграции в геном и метилирование-триаж для профилактики рака шейки матки — от главной причины к ключевому элементу профилактики

Определение макролидной резистентности и генотипирование Treponema pallidum

Полный профиль AMR и детекция карбапенемаз (OXA-23, NDM, VIM) — приоритетный патоген ВОЗ категории «критический», главная угроза ОРИТ

Полный AMR-профиль, детекция МБЛ (VIM, NDM) и насосов эффлюкса (MexAB) — мастер адаптации, ключевой патоген ОРИТ и муковисцидоза

Генотипирование сероваров (A–L) и определение резистентности к макролидам и фторхинолонам — самая распространённая бактериальная ИППП в мире

Генетические маркеры резистентности Mycoplasma genitalium к макролидам и фторхинолонам — быстро развивающаяся МЛУ, часто пропускаемый возбудитель ИППП

Генотипирование HBV (A–J), мутации резистентности в полимеразе (YMDD), HBeAg-статус и маркеры риска рака печени — из одного анализа

Маркеры вирулентности (rmpA, iucA, peg-344), капсульные типы K1/K2 и конвергенция с карбапенем-резистентностью — абсцесс печени и метастатические инфекции

mNGS на месте отбора проб для вируса тяжёлой лихорадки с тромбоцитопенией — сегментный анализ L/M/S и дифференциация геморрагических лихорадок в эндемичных районах

Один тест вместо gap-PCR + MLPA + Sanger: делеции α-кластера, мутации HBB и фазирование cis/trans на длинных прочтениях — исследовательский анализ для задач скрининга носительства (RUO)

Определение варианта (субтипа) и устойчивости к противовирусным препаратам

Метагеномная идентификация вирусных возбудителей ОРВИ — грипп A/B, RSV, риновирус, коронавирусы, аденовирус и др.

Метагеномная идентификация бактериальных возбудителей ОРЗ и их устойчивости к антибиотикам — S. pneumoniae, H. influenzae, K. pneumoniae и др.

BLNAR через мутации ftsI (PBP3), которую не видит ПЦР на β-лактамазу, серотипирование a–f/NTHi и дифференциация от H. haemolyticus — отит, ХОБЛ, эпиглоттит

По следам HMP и MetaHIT: full-length 16S до вида, профиль до/после FMT при рецидиве C. difficile, резистом ОРИТ — энтеротипы и функции вместо списка родов

CST-типирование и L. crispatus vs L. iners на полноразмерном 16S — предиктор преждевременных родов и рецидивов бактериального вагиноза

Профиль устойчивости P. falciparum (артемизинин, ACT-партнёры), видовая идентификация и делеции hrp2/hrp3 — верификация завозных случаев

Субтипирование, реассортация сегментов (антигенный сдвиг) и устойчивость к противовирусным — мониторинг штаммов гриппа

Профиль устойчивости и вирулентности (cagA/vacA) H. pylori из биоптата за день — для исследований резистентности к эрадикационным схемам (RUO)

Определение лекарственной устойчивости и токсигенности Clostridioides difficile — возбудитель антибиотик-ассоциированного колита

Токсинотипирование (cpa/cpb/etx/cpe/netB) и AMR-профиль Clostridium perfringens за часы — при мионекрозе счёт идёт на часы: ~15 см/час, летальность без лечения до 100%

Детекция bont A–G и серотипирование за часы — самый сильный яд из известных; антитоксин эффективен только при раннем введении

Шок без лихорадки после родов и спонтанная гангрена — маркер скрытого рака — детекция tcsL/tcsH и csa из крови и ткани за часы

Онколитические клостридии — геномный QC штамма и мониторинг прорастания спор в гипоксичном ядре опухоли

Эмфизематозный карбункул — полевая дифференциация от сибирской язвы, детекция cctA, молекулярная эпидемиология вспышек

Азольная (ERG11, TAC1, эффлюкс) и эхинокандиновая (FKS1) резистентность + анеуплоидии (изохромосома 5L) — SNV, CNV и структурные варианты в одном запуске на длинных прочтениях

Молекулярная идентификация (фенотип ошибается), определение клады I–VI, MDR-профиль и отслеживание внутрибольничных вспышек по SNP

Эволюция резистентности во время терапии — PDR1, горячие точки FKS1/FKS2, мутаторный фенотип MSH2; мониторинг серийных изолятов

Вспышки в неонатальных ОРИТ и катетер-ассоциированная кандидемия — детекция ERG11 Y132F и SNP-трассировка источника (руки персонала, оборудование)

Азиатские азоль-резистентные клоны tropicalis (ERG11 Y132F/A395T) и врождённая флуконазол-резистентность krusei — видовая идентификация решает стартовую терапию

Фунгемии NICU у детей на липидных эмульсиях, зоонозные вспышки M. pachydermatis с собак — культура мучительна (агар Dixon), молекулярная идентификация и SNP-трассировка решают

Криптококковый менингит — до 19% ВИЧ-смертности: видовая дифференциация neoformans/gattii, типы VNI–VNIV/VGI–VGIV и азольная гетерорезистентность через дисомию хромосомы 1

Определение MRSA/VRSA и полного профиля AMR Staphylococcus aureus — ведущего возбудителя нозокомиальных инфекций

Мозаичные pbp2x/pbp2b/pbp1a и серотипирование по cps-локусу: вакцинный эскейп (19A, 22F, 33F) и пенициллин-резистентность, которые фенотип не предсказывает

emm-типирование вместо Сэнжера, суперантигены speA/speC/ssa и макролидная резистентность (ermB/mefA) — от ангины до некротического фасциита

Исследовательский анализ GBS за часы вместо 18–48 ч культуры (RUO) — серотипы, клон CC17 и маркеры резистентности при аллергии на пенициллин

Определение лекарственной устойчивости Neisseria gonorrhoeae — приоритетный патоген ВОЗ по АМР

Серогруппирование и определение резистентности Neisseria meningitidis на месте отбора проб — молниеносный менингит, где каждый час критичен

vanA/vanB с резолюцией плазмидного контекста Tn1546 на длинных прочтениях — трассировка вспышек ОРИТ и генотипические маркеры резистентности

Генотипирование резистентности в трансплантологии: UL97 (ганцикловир), UL54, UL56 (летермовир) — минорные субпопуляции 5–20%, которые Sanger не видит

Энцефалит — каждый час = нейроны: mNGS ликвора и резистентность к ацикловиру (UL23/UL30) у иммуносупрессированных за часы

«Кантонский рак» — скрининг рака носоглотки по ВЭБ-ДНК, штаммотипирование (del-LMP1) и клональность по терминальным репитам; PTLD

Ловушка интеграции: ~1% людей несут HHV-6 в зародышевой линии — химерные риды «вирус–теломера» отличают её от реактивации и спасают от лишнего ганцикловира

Поздний ожог картофеля и томата — маркеры устойчивости к металаксилу, CAA-фунгицидам и стробилуринам

Корневая и стеблевая гниль сои — мониторинг рас и устойчивости к фениламидам и CAA

Увядание томата, огурца и зерновых — детекция специализированных форм (f. sp.) и бензимидазол-резистентности

Фузариоз колоса пшеницы и ячменя — микотоксины ДОН/зеараленон, устойчивость к азолам и карбендазиму

Альтернариоз картофеля и томата — устойчивость к QoI (стробилуринам) и SDHI-фунгицидам

Серая гниль винограда, земляники и овощей — полный профиль мультирезистентности к фунгицидам

Корневые гнили и демпинг-офф рассады — отличие от Fusarium/Rhizoctonia, устойчивость к мефеноксаму

Ложная мучнистая роса винограда — устойчивость к QoI, CAA и фениламидам

Ложная мучнистая роса подсолнечника и лука — мониторинг рас и фениламид-резистентности

Детекция ASFV у ворот фермы за часы — генотип по p72, низковирулентные делеционные варианты (CD2v/MGF), отличие от КЧС

Самая разрушительная болезнь риса — мониторинг рас и Avr-эффекторов, патотип Triticum (wheat blast), чувствительность к фунгицидам

«Зеленение» цитрусовых — некультивируемый Candidatus Liberibacter asiaticus, переносимый псиллидой: молекулярная детекция, SNP-кластеры и профиль профаг, дифференциация видов CLas/CLaf/CLam

Предсказание внешности, происхождения и возраста по ДНК с места преступления — Forensic DNA Phenotyping на основе нанопорового секвенирования