Ложная мучнистая роса винограда (милдью) — Plasmopara viticola

Метагеномная детекция милдью винограда с мониторингом устойчивости к QoI- и CAA-фунгицидам

🧬 Описание пайплайна

Plasmopara viticola — оомицет, облигатный биотроф и возбудитель ложной мучнистой росы винограда (милдью) — главного заболевания виноградарства умеренного климата. Патоген был завезён в Европу из Северной Америки в 1878 году; борьба с милдью привела к изобретению бордоской смеси — первого фунгицида в истории. Как облигатный паразит, P. viticola не культивируется на искусственных средах, поэтому молекулярная диагностика — основной инструмент его изучения и мониторинга.

Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) листьев с маслянистыми пятнами. За несколько часов агроном получает подтверждение возбудителя и профиль устойчивости к фунгицидам: устойчивость к стробилуринам (QoI) массово распространена в европейских популяциях, а устойчивость к CAA-фунгицидам формируется с 2007 года — без молекулярного мониторинга схема защиты виноградника быстро теряет эффективность.

• 📥 На входе: Сырые данные в формате FASTQ после High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа винограда с маслянистыми пятнами.
• 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.

📊 Доступность продукта

🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам

🌍 Глобальный контекст

• 1878 год — милдью завезён в Европу из Северной Америки и за несколько десятилетий стал главной угрозой европейского виноградарства.
• Бордоская смесь — борьба с милдью привела к созданию первого фунгицида в истории сельского хозяйства.
• QoI-резистентность — мутация G143A массово распространена в европейских популяциях; стробилурины без контроля резистентности неэффективны.
• CAA-резистентность — мутации в PvCesA3 впервые выявлены около 2007 года и с тех пор отслеживаются FRAC как приоритетный маркер.

🔬 Связанные источники

• 📄 FRAC — Комитет по резистентности к фунгицидам
• 📄 PHI-base — база взаимодействий патоген-хозяин
• 📄 UNITE — база данных ITS-баркодирования грибов и оомицетов
• 📄 NCBI Taxonomy — Plasmopara viticola