OnSiteSeq Edge

📋 Описание

OnSiteSeq Edge — автономный программно-аппаратный комплекс (ПАК) для секвенирования на месте отбора образцов. От FASTQ до исследовательского отчёта прямо на месте отбора образцов, без отправки данных в центральную лабораторию. Может использоваться на выезде, в регионах крайнего севера и других условиях без постоянного доступа к лабораторному оборудованию и серверным мощностям.

🔧 Ключевые характеристики

⚙️ Возможности

• Встроенные инструменты пробоподготовки
• Получение данных со встроенного секвенатора Нанопорус
• Обработка данных GPU-модулем Nvidia Jetson AGX
• Печать исследовательского (RUO) и биоинформатического отчёта на встроенном термопринтере
• Система управления пайплайнами OnSiteSeq Cockpit, версия Edge, адаптированная под сенсорный экран
• Открытая архитектура — постоянно обновляющийся маркетплейс arm64-контейнеров

📷 Аппаратная часть комплекса

(A) Кассета Flongle   (B) Нанопоровый NGS секвенатор «Нанопорус»   (C) Сенсорный экран   (D) Шприц-дозатор   (E) Коммуникационный блок Wi-Fi/4G   (F) CPU/GPU процессор на базе платформы Nvidia Jetson AGX   (G) Амплификатор   (H) Термопринтер

🔬 Алгоритм работы

1. Пробоподготовка
2. Амплификация с помощью амплификатора МФТИ YourPCR (G)
3. Загрузка пробы дозатором (D) в проточную ячейку Flongle Flow Cell (A), подключённую к нанопоровому секвенатору Нанопорус (B)
4. Запуск исследования в MinKnow
5. Basecalling в Dorado с формированием файла сырых прочтений (fastq.gz)
6. Запуск пайплайна в OnSiteSeq Cockpit с GPGPU-вычислениями на Nvidia Jetson AGX (F)
7. Просмотр исследовательского (RUO) и биоинформатического отчёта на встроенном экране (C)
8. Печать данных на встроенном термопринтере (H)

📦 Пайплайны

Биоинформатические инструменты распространяются через OnSiteSeq Harbor в виде arm64 Docker-контейнеров. На текущий момент доступны:

• OnSiteSeq TUB — Туберкулёз
• OnSiteSeq HIV — ВИЧ-1
• OnSiteSeq Rice — Пирикуляриоз риса 🟡 В разработке

Список будет пополняться новыми решениями.