Фитофтороз (поздний ожог) — Phytophthora infestans

Метагеномная детекция фитофтороза картофеля и томата с профилем устойчивости к фунгицидам — за часы, прямо в поле

🧬 Описание пайплайна

Phytophthora infestans — оомицет (не настоящий гриб), возбудитель фитофтороза — самого разрушительного заболевания картофеля и томата в мире. Патоген существует в виде двух типов спаривания (A1 и A2); их совместное присутствие в популяции позволяет формировать устойчивые ооспоры и ускоряет эволюцию резистентности. В дождливые сезоны фитофтороз поражает до 50% посевов картофеля в России.

Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённой ткани прямо на месте посева. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и — критично для защиты урожая — профиль устойчивости к фунгицидам: устойчивость к металаксилу/мефеноксаму у популяций P. infestans широко распространена в РФ, и обработка неэффективным препаратом равнозначна потере урожая.

• 📥 На входе: Сырые данные в формате FASTQ после High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа/клубня картофеля, лист и плоды томата.
• 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.

📊 Доступность продукта

🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам

🌍 Глобальный контекст

• Ирландский голод (1845–1852) — P. infestans уничтожил практически весь урожай картофеля в Ирландии, унеся более 1 млн жизней.
• Экономика — мировые потери урожая от фитофтороза оцениваются в $6–7 млрд ежегодно.
• Металаксил-резистентность — устойчивые популяции зафиксированы во всех картофелепроизводящих регионах России.
• EUROBLIGHT — европейская сеть мониторинга популяций P. infestans, отслеживающая распространение новых клональных линий и резистентных генотипов.

🔬 Связанные источники

• 📄 FRAC — Комитет по резистентности к фунгицидам
• 📄 EUROBLIGHT — европейская сеть мониторинга P. infestans
• 📄 PHI-base — база взаимодействий патоген-хозяин
• 📄 UNITE — база данных ITS-баркодирования грибов и оомицетов