Корневые гнили и демпинг-офф (черноногость) — Pythium spp.
Метагеномная дифференциация корневых гнилей сеянцев и рассады — Pythium против Rhizoctonia и Fusarium
🧬 Описание пайплайна
Pythium spp. — оомицеты (не настоящие грибы), возбудители корневых гнилей и демпинг-оффа («черной ножки») сеянцев и рассады — основной причины потерь в тепличном и рассадном производстве. Как и все оомицеты, Pythium нечувствителен к азолам и большинству «противогрибковых» фунгицидов: работают только специфические препараты против оомицетов — мефеноксам/металаксил, этабоксам, пропамокарб, циазофамид. Ошибка в диагнозе означает обработку заведомо неэффективным препаратом.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) корней рассады и субстрата. При схожих симптомах корневых гнилей метагеномика субстрата — единственный способ достоверно отличить Pythium от Rhizoctonia и Fusarium за один анализ, без многодневного культивирования. Вместе с видовой идентификацией агроном получает профиль устойчивости к фунгицидам.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат корней сеянцев и рассады, субстрат, почвенный смыв. - 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленные патогены, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Недоступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| — (полигенная устойчивость) | Полиморфизмы популяции | Мефеноксам / Металаксил (фениламиды) |
| CesA3 (целлюлозосинтаза) | Точечные замены | CAA-фунгициды |
| — (природная нечувствительность) | Отсутствие мишени (эргостерол) | Азолы / DMI — неэффективны против оомицетов |
🌍 Глобальный контекст
- Теплицы и рассадники — демпинг-офф способен уничтожить до 100% сеянцев в очаге за несколько дней.
- Мефеноксам-резистентность — устойчивые популяции P. irregulare и P. ultimum широко распространены в производствах с регулярным применением фениламидов.
- Схожие симптомы — корневые гнили, вызываемые Pythium, Rhizoctonia и Fusarium, визуально неразличимы, а требуют разной защиты.
- Оомицеты ≠ грибы — стандартные «противогрибковые» препараты (азолы) против Pythium не работают; правильная диагностика экономит обработки.
🔬 Связанные источники
AI medtech платформа для управления контейнеризованными биоинформатическими пайплайнами.
Edge-платформа. Рабочее место. Облачные вычисления.
Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2026680748.
Проект начат в МФТИ, продолжен в аспирантуре РНИМУ им. Н.И. Пирогова.
Получение разрешений и валидация в процессе. Текущий статус — RUO. Только для научных исследований. Не для диагностики.
Проект — участник топ-1000 университетских стартапов и Акселерационной программы «Будущее медицины».