Серая гниль — Botrytis cinerea

Метагеномная детекция серой гнили винограда, земляники и овощей с комплексным профилем мультирезистентности

🧬 Описание пайплайна

Botrytis cinerea — возбудитель серой гнили, поражающий более 200 видов растений и главный патоген винограда и земляники при выращивании и хранении. FRAC относит B. cinerea к патогенам высшего риска резистентности: мультирезистентность — одновременная устойчивость к нескольким классам фунгицидам — является нормой для полевых популяций, а не исключением.

Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённых ягод и растительной ткани. За несколько часов агроном получает подтверждение вида возбудителя и развёрнутый профиль устойчивости к фунгицидам, включающий как мутации в генах-мишенях, так и активацию систем эффлюкса (BcMrr1), обеспечивающих мультирезистентность. Без такого профиля подбор работающей схемы защиты от серой гнили превращается в перебор препаратов.

• 📥 На входе: Сырые данные в формате FASTQ после High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат ягод винограда/земляники, поражённая ткань овощей.
• 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.

📊 Доступность продукта

🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам

🌍 Глобальный контекст

• Широчайший круг хозяев — более 200 видов растений, от винограда и земляники до томатов и декоративных культур.
• Высший риск резистентности — FRAC классифицирует B. cinerea как патоген высшего риска; штаммы с устойчивостью к 5 и более классам фунгицидов известны давно.
• Потери при хранении — серая гниль остаётся главной причиной потерь винограда и ягод после сбора урожая.
• Эффлюкс-мультирезистентность — активация транспортёра BcMrr1 обеспечивает устойчивость сразу к нескольким классам препаратов, что не предсказать по одному гену-мишени.

🔬 Связанные источники

• 📄 FRAC — Комитет по резистентности к фунгицидам
• 📄 PHI-base — база взаимодействий патоген-хозяин
• 📄 UNITE — база данных ITS-баркодирования грибов и оомицетов
• 📄 NCBI Taxonomy — Botrytis cinerea