Ложная мучнистая роса — Peronospora spp.
Метагеномная детекция ложной мучнистой росы лука и подсолнечника с мониторингом рас и устойчивости к фунгицидам
🧬 Описание пайплайна
Peronospora spp. — оомицеты, облигатные паразиты растений и возбудители ложной мучнистой росы. К этой группе относятся P. destructor (ложная мучнистая роса лука) и Plasmopara halstedii (милдью подсолнечника) — родственный оомицет из той же семейства Peronosporaceae. Популяции патогенов характеризуются расовой структурой: состав циркулирующих рас определяет, какие гибриды и сорта окажутся устойчивы, а какие — поражены. Милдью подсолнечника — важный карантинно значимый патоген в России.
Наш пайплайн выполняет метагеномное нанопоровое секвенирование (mNGS) поражённой листовой ткани. За несколько часов агроном получает подтверждение возбудителя, оценку расового состава популяции и профиль устойчивости к фунгицидам — данные, необходимые и для защиты текущего урожая, и для селекции устойчивых гибридов.
- 📥 На входе: Сырые данные в формате
FASTQпосле High Accuracy basecalling (Dorado SUP, химия R10.4.1). Материал: гомогенат листа подсолнечника/лука. - 📤 На выходе: Исследовательский HTML-отчёт (RUO) для агронома — выявленный патоген, количественная представленность, профиль резистентности к фунгицидам.
📊 Доступность продукта
| Платформа | Статус доступности |
|---|---|
| OnSiteSeq Cockpit Edge | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Desktop | 🟡 В разработке |
| OnSiteSeq Cockpit Cloud | 🔴 Недоступно |
🎯 Маркеры устойчивости к фунгицидам
| Ген | Мутации | Фунгицид (класс) |
|---|---|---|
| — (полигенная устойчивость) | Полиморфизмы популяции | Металаксил / Мефеноксам (фениламиды) |
| CesA3 (целлюлозосинтаза) | Точечные замены | CAA-фунгициды (мандипропамид) |
🌍 Глобальный контекст
- Карантинное значение — милдью подсолнечника (P. halstedii) — карантинно значимый патоген в России; заражённые партии семян подлежат контролю.
- Расовая структура — устойчивые к металаксилу расы P. halstedii известны давно; мониторинг рас необходим для селекции устойчивых гибридов подсолнечника.
- Облигатные паразиты — патогены не культивируются на искусственных средах; метагеномика — основной способ их идентификации и типирования.
- Луковые культуры — P. destructor вызывает системное поражение лука и многолетнее сохранение инфекции в посадочном материале.
🔬 Связанные источники
AI medtech платформа для управления контейнеризованными биоинформатическими пайплайнами.
Edge-платформа. Рабочее место. Облачные вычисления.
Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2026680748.
Проект начат в МФТИ, продолжен в аспирантуре РНИМУ им. Н.И. Пирогова.
Получение разрешений и валидация в процессе. Текущий статус — RUO. Только для научных исследований. Не для диагностики.
Проект — участник топ-1000 университетских стартапов и Акселерационной программы «Будущее медицины».